Az úgynevezett anatómiai traktátusok (Eb 854–856) az egyiptomi orvoslás ok-okozati rendszerébe engednek bepillantani. Az ezek alapján megismert, több iskolára oszló korabeli anatómiai rendszerek azonban lényegesen eltérnek a mai nyugati orvostudomány által követett modelltől. Valamennyi alaptételének tekinti, hogy a szervezetet „csatornák, csövek” – metu hálózzák be, melyek központja a khati-szív. (Volt tudniillik egy másik, ib szóval megnevezett szív-fogalom is.) Metunak tekintettek minden, a szervezetben található cső- vagy vezetékszerű képződményt, így ez a szó egyaránt jelenthetett eret, inat, izmot, szalagot és ideget. A metu-rendszer számukra elsődlegesnek tartott fontosságát jól tükrözi az első traktátus címe és kifejtése is:

A szunu-orvos titkainak a kezdete: a khati-szív járásának az ismerete, a khatiszív ismerete. Metuk vannak benne minden tagja számára. Ami ezeket illeti: „amikor bármely szunu, Szahmet bármely uab papja vagy bármely varázsló két kezének ujjait a fejre, a halántékra, a kezekre, az ib-szív helyére, a két karra vagy a két lábra teszi” – mindezzel a khati-szívet vizsgálja. Mert annak vannak metui minden tagja számára. Az ő beszéde [ti. a khati-szívé] az, ami valamennyi tagban megtalálható (Eb 854 a, 99,1-5).

(Szahmet istennő ábrázolása reliefen)

• a (világi) orvosok,
• Szahmet istennőnek a templomokban a liturgikus feladatok ellátása mellett gyógyítással is foglalkozó alsó papsága, és
• az istenvilágot mágikus úton befolyásolni igyekvő, amuletteket alkalmazó és különböző, személyre szabott védő rítusokat végző varázsló.

Négy metu van a két orrlyukában. Kettő az, amely a váladékot adja, kettő az, amely a vért adja. (854b, 99,5-6) – Ezeket két érnek és két kiürítő csatornának lehet értelmezni.

Négy metu van két halántéka belsejében. Amelyek hátul vannak, azok adják a két szem vérét. A két szem minden betegsége bennük keletkezik, mivel [ti. metui] nyitottak a két szem számára. Ami azt illeti: „a víz, amely belőlük jön”, a szem két, pupillás írisze adja azt. Más mondás: az alvás teszi ezt a két szemben. (854c, 99,6-10)

Az itt említett 4 metu közül kettő lehetett csak „hátul”, mivel a metu-kat mindig párosával képzelték el. Ezek voltak tehát a betegséget is okozó csatornák. Valószínűbbnek tűnik, hogy szerintük szintén ezek szállították a könnyet (bár bizonyosak nem lehetünk), mivel a másik párról nem szól a szöveg, és a víz és vér például a máj esetében is ugyanazon a rendszeren haladt végig. Ha helyes ez a következtetés, akkor a nem „hátul” levő metuk vélhetőleg a szemidegekkel azonosak. A „más mondás” megjelölés pedig arra vonatkozik, hogy a szöveg lejegyzői legalább két különböző forrásmunkát használtak fel, és a szemben keletkezett folyadék értelmezésében két eltérő véleménnyel találkoztak.

Négy metu van, amelyek a fejen szétoszlanak. A halántékon kapcsolódnak össze. Ezek okozzák azután a kopaszodási lyukat és a zsírosodást. Ezt okozzák kifelé. (854d, 99,10-12)

A metu értelmezése itt egyelőre rejtélyes. Mivel az arc részeit a többi egységben sorra veszik, itt a fej fülek közötti hátsó részét, vagyis a normál körülmények között hajjal borított koponyát behálózó metukról beszélhet csak a szöveg. Ennek megfelelően a kopaszodási lyuk nyilvánvalóan az erőteljes hajhullásra vonatkozik, és a zsírosodás szintén a fejbőrrel és hajjal állhat kapcsolatban.

Az Ebers-papirusz könyveinek egy része speciális témaköröket ír le, amelyek nyilván valamelyik szakorvosi terület részét képezték (például szemészet, fülészet, belgyógyászat, bőrgyógyászat, sebészet, stb.), máshol gyógyászati szempontból csak távoli hasonlóság mutatkozik a közös cím alatt felsorakozó egyes receptek között (például valamennyit isten készítette), vagy az sem, mivel gyűjteményes munka lévén innen-onnan sebtében összeszedett receptek követik egymást. A betegségeket rendszerint a tünet jelentkezésének helye szerint csoportosították. Így kerülhetett például a májmegnagyobbodás a gyomorbetegségek közé, annak ellenére, hogy a tünetek okozójának az egyiptomi orvosok is a májat tartották, és számon tartották, sőt önálló könyvben rögzítették is a máj kezelését.

Az Ebers-papirusz írnoka egy egész tekercset látott még a máj bajairól – igaz, mindössze öt esetet másolt le.

Ma már kideríthetetlen, hogy eredetileg milyen hosszú volt ez a könyv, illetve miért ennyit másoltak le belőle. Csak az világos, hogy a májat nemcsak elkülönített anatómiai egységként tartották számon, hanem felismerték néhány elváltozását, és belső terápiával megpróbálták kihajtani belőle a méreganyagokat. Az öt fennmaradt leírás legalábbis erről tanúskodik, mint például:

A máj kezelésére szolgáló orvosságok kezdete: füge 1/8, perzea termése 1/8, szőlőszem 1/16, felhasított szikomórfüge 1/8, földitök termése 1/16, gumi 1/32, tömjén 1/64, zsázsa 1/64, víz 15 ro, éjjel a harmatnak kitenni, áttörni, négy napig inni. (Eb 477, 67,7-9)

A gyomorbetegségekről szóló könyv passzusai szerkezetükben erősen elütnek a fenti receptekétől. A didaktikus szesau (‘jártasság’) műfajába tartoznak, melynek szerkezete az egyiptomi orvosok vizsgálati és kezelési módszerét közvetíti számunkra: szóbeli anamnézis és manuális vizsgálat után jön a diagnosztizálás és a gyógykezelés lehetőségeinek mérlegelése, ezt követi az előírt kezelés leírása és annak várható eredménye, esetleg több lépcsőben.

Az Ebers-papiruszon a daganatokat és duzzanatokat jegyezték még le ezzel a módszerrel. Mint orvosirodalmi műfaj, a szesau jellemzi még a Smith-papirusz előoldalát, de ritkábban más papiruszokon is előfordul.

Vagyis ha azt észlelték, hogy a gyomor mérete összeszűkült, a páciens lázas volt, étvágytalan, hasfájásról panaszkodott, akkor a szunu volt a megfelelő szakorvos. Ő az előírások szerint lefektette, hogy kezével kitapinthassa a belső szervek helyzetét, majd a diagnózis megerősítése után hashajtót írt elő. Várakozása szerint ettől a beteg megkönnyebbült, állapota javult – már csak a máj oldalán volt gyulladt –, de még nem jött rendbe. A következő hashajtó hatására azonban helyreállt a rend: ismét víz töltötte meg a máj metuit, amint az elképzelésük szerint egészséges állapotában természetes volt.

Az orvosi gyakorlat racionális oldala mellett rendkívül fontosnak tartották annak vallási és mágikus vetületét is. Már az is jelzi az irracionális szféra fontosságát, hogy az Ebers- papirusz első három paragrafusa ráolvasás: először a kötés, pakolás, kenőcs vagy bármilyen más orvosság felhelyezésekor,

majd a kötés levételekor hangzottak el mondások, végül akkor, amikor a beteg megitta az orvosságot.

Különösen világosan kidomborodik ez például olyan kifejezésekből, mint ‘Háthor, a malachit úrnője’, szaur – a ‘nagy varázslatú’ névre hallgató ásvány, vagy a szeneb – ‘egészség’ formájában megnevezett növény. Ilyen és hasonló anyagok számos receptben fellelhetők az Ebers-papiruszban és másutt.